Chociaż pełnotłuste mączki sojowe jako składnik pasz zwierzęcych i dla ryb mogą wydawać się związane ze śrutą sojową, w praktyce jest to inny składnik o innym składzie odżywczym i innych warunkach przetwarzania niż śruta sojowa.
Istnieje wiele procesów wykorzystywanych przez przemysł do produkcji mączki sojowej. Niektóre z tych procesów są suche, przykładowo opiekanie, a niektóre są mokre, jak wytłaczanie na mokro. Najważniejszą kwestią przy wyborze zakupu paszy dla zwierząt lub ryb od dostawcy jest to, że zastosowana obróbka cieplna, niezależnie od tego, który to proces, jest przeprowadzana prawidłowo. Gdy warunki przetwarzania są niedostateczne, część inhibitorów proteazy nie jest niszczona, a zatem negatywnie wpłynie to na strawność białka i wykorzystanie składników odżywczych. Jeśli przetwarzanie jest nadmierne, wpłynie to również na jakość i przyswajalność białka. Pełnotłuszczowa mączka sojowa jest doskonałym źródłem energii i białka, o szczególnej wartości w diecie dla młodych zwierząt i ryb, gdy wymagane jest wysokie stężenie składników odżywczych. Podobnie jak w przypadku innych składników pasz, poziom włączenia pełnotłustej śruty sojowej do diety zależy od jej względnego kosztu. Mączka i śruta sojowa dominują na rynku roślinnych suplementów białkowych dla bydła, świń i drobiu.
Jest tego wiele przyczyn, w tym konsekwentna zawartość składników odżywczych, gotowość do spożycia przez cały rok oraz wysoka zawartość surowego białka.
Ponieważ producenci trzody chlewnej i drobiu pragną wysokoenergetycznych diet, śruta sojowa ma większą wartość, ponieważ żaden inny produkt paszowy pochodzenia roślinnego nie przewyższa śruty sojowej pod względem zawartości energii strawnej i zawartości białka. Śruta i mąka sojowa odpowiada lub przewyższa wszystkie inne popularne białka roślinne zarówno pod względem całkowitej, jak i strawnej zawartości pełnowartościowych aminokwasów. Mączka rybna i mączka mięsna stanowią główny składnik kompozycji karmy w hodowli ryb, chociaż rośnie zainteresowanie wykorzystaniem źródeł roślinnych w akwakulturze.
